År 2003 infördes elcertifikatsystemet, ett nytt stödsystem för att öka användningen av förnybar el. Systemet ersatte tidigare stödsystem för förnybar elproduktion.

Elcertifikatsystemet är ett marknadsbaserat stödsystem för utbyggnad av elproduktion från förnybara energikällor och torv i Sverige. Målet är att öka elproduktionen från sådana energikällor med 17 TWh från 2002 års nivå till och med 2016.Systemet skall bidra till att Sverige får ett mer ekologiskt hållbart energisystem.

Grundprincipen för systemet är att producenter av förnybar el får ett elcertifikat av staten för varje MWh som producerats. Samtidigt har elhandelsföretagen en skyldighet att införskaffa en viss mängd elcertifikat i förhållande till sin försäljning och användning av el, s.k. kvotplikt. Genom försäljningen av elcertifikat får producenterna en extra intäkt utöver intäkterna från elförsäljningen. Därigenom ökar de förnybara energikällornas möjlighet att konkurrera med icke förnybara källor.

De energikällor som har rätt att tilldelas elcertifikat är vindkraft, viss vattenkraft, vissa biobränslen, solenergi, geotermisk energi, vågenergi samt torv i kraftvärmeverk.

När systemet infördes var det elanvändarna som var kvotpliktiga. Elhandelsföretagen ombesörjde dock hanteringen av kvotplikten för huvuddelen av sina kunder och hade rätt att ta ut en avgift för detta. Efter en utvärdering av elcertifikatssystemet infördes en del förändringar i systemet från och med den 1 januari 2007. Syftet var att förenkla, effektivisera och renodla systemet. En av förändringarna var att kvotplikten flyttades från elanvändarna till elhandelsföretagen. Som en följd av detta försvann det tidigare kravet på att särredovisa kostnaden för elcertifikat separat på fakturan. Kostnaden för elcertifikat är numera en del av det totala elpriset, vilket innebär att det blir lättare att jämföra olika elhandelsföretags priser.